موزه تاریخ طبیعی اصفهان در بنایی از دوزه تیموری در قرن پانزدهم میلادی واقع شده است. بنا شامل سالنهای بزرگ و یک ایوان است. که با مقرنس و گچبری تزیین شده اند.
موزه دارای هفت سالن است:
- سالن راهنمایی
- سالن بی مهره ها
- سالن گیاه شناسی
- سالن زمین شناسی
- سالن جغرافیای فیزیکی و نقشه ها
- سالن مهره داران
- سالن کمک آموزشی گرافیک