مسجد جامع کاشان قدیمی ترین بنای تاریخی در کاشان است . تنها مناره خشتی اش در گوشه جنوب شرقی آن قرار دارد. در قسمت پایین مناره ، یک کتیبه کوفی خشتی برجسته وجود دارد . بر روی کتیبه ، به قدمت بنا اشاره شده است که 1074 میلادی است. این مناره سومین مناره قدیمی دارای کتیبه ایران است . گفته می شود که از دوره پیش از اسلام ، آتشکده ای در این مکان وجود داشته و پس از اسلامی شدن ایران ، آتشکده به مسجد مبدل شده است.
در کتاب مرآه البلدان نوشته زیر در مورد این مسجد آمده است:
“مسجد ، که بعنوان مسجد جامع در کاشان شناخته می شود، دارای محرابی با قبله درست و محرابی با قبله اشتباه است. بانی مسجد ، صفیه خاتون ، دختر ملک الاشتار بوده است.”
محراب قدیمی بزرگ مسجد به مانند مناره آن بنظر می رسد که متعلق به دوره سلجوقیان است. گچبری نفیسی دارد و بر روی آن آیاتی از قران در مورد فضیلت نماز جمعه وجود دارد . بنظر می رسد که این محراب بزرگ بعلت جهت اشتباه قبله اش ، عامدانه ویران شده است. بجای این محراب ، یک محراب کوچکتر در جهت درست قبله در دوره سلطنت طهماسب اول ساخته شده است.
نقشه مسجد ساده است . یک حوض در حیاط ، مقابل ایوان وجود دارد که به فضای داخلی گنبد منتهی می شود ، و همچنین دو شبستان هم سطح حیاط و شبستانی زمستانه زیر سطح حیاط وجود دارد.